Korzenie "teorii projektu" sięgają starożytności, do myśli takich filozofów jak Platon, Sokrates czy Arystoteles, którzy formułowali własne argumenty na rzecz projektu[4]. W średniowieczu, wśród pięciu dróg Akwinaty jako ostatni figuruje wspomniany argument teleologiczny. O celowości przyrody i jej zaprojektowaniu przez Stwórcę przeświadczeni byli prawie wszyscy znani przedstawiciele nauki w późniejszych wiekach aż do drugiej połowy XIX wieku, kiedy Karol Darwin stworzył paradygmat ewolucji biologicznej, który został przyjęty przez świat nauki. Termin "inteligentny projekt" użył po raz pierwszy F.C.S. Schiller w 1897 roku pisząc że, "nie można odrzucać możliwości, że proces ewolucji może być kierowany przez inteligentny projekt".
   
   Najbardziej znaną wersję argumentu z projektu rozwinął angielski teolog William Paley (1743-1805), który w książce "Natural Theology" zaproponował swoją "tezę o zegarmistrzu". Paley dowodził, że jeśli ktoś przechodzący przez wrzosowisko ujrzy tam kamień, może racjonalnie wyjaśnić jego obecność naturalnymi przyczynami. Jednak gdy zobaczy zegarek i stwierdzi, że "jego różne części są dopasowane i celowo złożone", jedyną sensowną konkluzją przechodnia będzie ta, że zegarek ten został zaprojektowany. Paley argumentował, że ten sam wniosek możemy per analogiam wyciągnąć obserwując wiele naturalnych obiektów, takich jak oko. Podobnie jak w zegarku, gdzie liczne części są precyzyjnie dopasowane i współdziałają w określonym celu (wskazywania czasu), tak i w oku wszystkie części precyzyjnie współgrają w celu osiągnięcia właściwego celu – widzenia. Tak więc zarówno w przypadku zegarka, jak i oka dostrzec możemy cechy świadczące o tym, że powstały one w wyniku rozumnego projektu.
   
   Choć intuicyjna argumentacja Paleya przez dłuższy czas wywierała duży wpływ na wielu myślicieli, Paley nigdy nie sformułował precyzyjnych standardów wykrywania projektu w naturze. On i inni "teologowie przyrody" próbowali znaleźć w przyrodzie fakty wskazujące na istnienie mądrego i życzliwego Boga jako argumenty apologetyczne.
   
   Darwin w młodości był zafascynowany poglądami Paleya. Nie myślę – pisał Darwin – bym kiedykolwiek wielbił jakąś książkę bardziej niż "Natural Theology" Paleya. Z czasem jednak Darwin opracował własne wyjaśnienie pochodzenia na pozór celowo zaprojektowanych struktur – dobór naturalny, odwołujące się wyłącznie do mechanizmów przyrodniczych. Zamiast zaś odwiecznego ładu przyrody wskazującego na dobroć Stwórcy, jaki widzieli wokół siebie wcześniejsi naturaliści, Darwin zwrócił uwagę na niedoskonałość i brutalność natury ("walkę o byt").
   
   Tryumf w myśli biologicznej darwinizmu i neodarwinizmu na przełomie XIX i XX wieku oznaczał usunięcie z biologii koncepcji odwołujących się do celowości i planu w przyrodzie. Ogromna większość społeczności naukowej stoi odtąd na stanowisku, że wszystkie cechy świata ożywionego, które wcześniej przypisywano działaniu inteligencji, da się wyjaśnić przez odwołanie się do teorii ewolucji.
   
   Prekursorem współczesnego nurtu ID był chemik i filozof Michael Polanyi. W 1967 roku argumentował on, że "maszyny są nieredukowalne do fizyki i chemii", oraz że "mechanistyczne struktury organizmów żywych również wydają się nieredukowalne". Praca Polanyiego wywarła wpływ na książkę z 1984 roku autorstwa chemika Charlesa Thaxtona, inżyniera Waltera Bradleya i geochemika Rogera Olsena, w której argumentowali, że sama materia i energia mogą tworzyć coś tylko w ograniczonym stopniu i że pewne rzeczy mogą zostać „utworzone wyłącznie przy pomocy «gruntownej interwencji informacyjnej
   
   Inną wersją teorii inteligentnego projektu uważa się ukazanie się w 1991 r. książki "ojca chrzestnego" tego ruchu, prawnika Phillipa E. Johnsona "Darwin on Trial", w której powtórzył on większość kreacjonistycznych zarzutów przeciwko teorii ewolucji, oskarżając ją też o to, że jest przyczyną szerzącego się współcześnie zła społecznego oraz blednej ideologi darwinistycznej ktora zostala juz obalona przez duza czesc naukowcow.
   
   Głównym ośrodkiem propagującym ID jest Discovery Institute w Seattle w stanie Waszyngton – prywatna organizacja deklarująca promowanie konserwatywnych idei. Wokół tej instytucji powoli, ale systematycznie zaczęła gromadzić się niewielka grupa teologów, filozofów i naukowców różnych specjalności twierdzących, że najnowsze odkrycia z dziedziny fizyki, kosmologii, genetyki, biochemii podważają neodarwinizm. Ich zdaniem odkrycia te wskazują, że najlepszym wyjaśnieniem niektórych zjawisk w naturze jest projekt, a nie bezcelowe ewolucyjne procesy.
   
   
   "Inteligentny projekt to badanie wzorców w naturze, dla których istnienia najlepszym wyjaśnieniem jest takie, że powstały one w rezultacie rozumnego działania"