Korzenie "teorii projektu" sięgają starożytności, do myśli takich filozofów jak Platon, Sokrates czy Arystoteles, którzy formułowali własne argumenty na rzecz projektu[4]. W średniowieczu, wśród pięciu dróg Akwinaty jako ostatni figuruje wspomniany argument teleologiczny. O celowości przyrody i jej zaprojektowaniu przez Stwórcę przeświadczeni byli prawie wszyscy znani przedstawiciele nauki w późniejszych wiekach aż do drugiej połowy XIX wieku, kiedy Karol Darwin stworzył paradygmat ewolucji biologicznej, który został przyjęty przez świat nauki. Termin "inteligentny projekt" użył po raz pierwszy F.C.S. Schiller w 1897 roku pisząc że, "nie można odrzucać możliwości, że proces ewolucji może być kierowany przez inteligentny projekt".
   
   Najbardziej znaną wersję argumentu z projektu rozwinął angielski teolog William Paley (1743-1805), ktĂłry w książce "Natural Theology" zaproponował swoją "tezę o zegarmistrzu". Paley dowodził, Ĺźe jeśli ktoś przechodzący przez wrzosowisko ujrzy tam kamień, moĹźe racjonalnie wyjaśnić jego obecność naturalnymi przyczynami. Jednak gdy zobaczy zegarek i stwierdzi, Ĺźe "jego róşne części są dopasowane i celowo złoĹźone", jedyną sensowną konkluzją przechodnia będzie ta, Ĺźe zegarek ten został zaprojektowany. Paley argumentował, Ĺźe ten sam wniosek moĹźemy per analogiam wyciągnąć obserwując wiele naturalnych obiektĂłw, takich jak oko. Podobnie jak w zegarku, gdzie liczne części są precyzyjnie dopasowane i współdziałają w określonym celu (wskazywania czasu), tak i w oku wszystkie części precyzyjnie współgrają w celu osiągnięcia właściwego celu – widzenia. Tak więc zarĂłwno w przypadku zegarka, jak i oka dostrzec moĹźemy cechy świadczące o tym, Ĺźe powstały one w wyniku rozumnego projektu.
   
   Choć intuicyjna argumentacja Paleya przez dłuĹźszy czas wywierała duĹźy wpływ na wielu myślicieli, Paley nigdy nie sformułował precyzyjnych standardĂłw wykrywania projektu w naturze. On i inni "teologowie przyrody" prĂłbowali znaleźć w przyrodzie fakty wskazujące na istnienie mądrego i Ĺźyczliwego Boga jako argumenty apologetyczne.
   
   Darwin w młodości był zafascynowany poglądami Paleya. Nie myślę – pisał Darwin – bym kiedykolwiek wielbił jakąś książkę bardziej niĹź "Natural Theology" Paleya. Z czasem jednak Darwin opracował własne wyjaśnienie pochodzenia na pozĂłr celowo zaprojektowanych struktur – dobĂłr naturalny, odwołujące się wyłącznie do mechanizmĂłw przyrodniczych. Zamiast zaś odwiecznego ładu przyrody wskazującego na dobroć StwĂłrcy, jaki widzieli wokół siebie wcześniejsi naturaliści, Darwin zwrĂłcił uwagę na niedoskonałość i brutalność natury ("walkę o byt").
   
   Tryumf w myśli biologicznej darwinizmu i neodarwinizmu na przełomie XIX i XX wieku oznaczał usunięcie z biologii koncepcji odwołujących się do celowości i planu w przyrodzie. Ogromna większość społeczności naukowej stoi odtąd na stanowisku, Ĺźe wszystkie cechy świata oĹźywionego, ktĂłre wcześniej przypisywano działaniu inteligencji, da się wyjaśnić przez odwołanie się do teorii ewolucji.
   
   Prekursorem współczesnego nurtu ID był chemik i filozof Michael Polanyi. W 1967 roku argumentował on, Ĺźe "maszyny są nieredukowalne do fizyki i chemii", oraz Ĺźe "mechanistyczne struktury organizmĂłw Ĺźywych rĂłwnieĹź wydają się nieredukowalne". Praca Polanyiego wywarła wpływ na książkę z 1984 roku autorstwa chemika Charlesa Thaxtona, inĹźyniera Waltera Bradleya i geochemika Rogera Olsena, w ktĂłrej argumentowali, Ĺźe sama materia i energia mogą tworzyć coś tylko w ograniczonym stopniu i Ĺźe pewne rzeczy mogą zostać „utworzone wyłącznie przy pomocy «gruntownej interwencji informacyjnej
   
   Inną wersją teorii inteligentnego projektu uwaĹźa się ukazanie się w 1991 r. książki "ojca chrzestnego" tego ruchu, prawnika Phillipa E. Johnsona "Darwin on Trial", w ktĂłrej powtĂłrzył on większość kreacjonistycznych zarzutĂłw przeciwko teorii ewolucji, oskarĹźając ją teĹź o to, Ĺźe jest przyczyną szerzącego się współcześnie zła społecznego oraz blednej ideologi darwinistycznej ktora zostala juz obalona przez duza czesc naukowcow.
   
   Głównym ośrodkiem propagującym ID jest Discovery Institute w Seattle w stanie Waszyngton – prywatna organizacja deklarująca promowanie konserwatywnych idei. Wokół tej instytucji powoli, ale systematycznie zaczęła gromadzić się niewielka grupa teologĂłw, filozofĂłw i naukowcĂłw róşnych specjalności twierdzących, Ĺźe najnowsze odkrycia z dziedziny fizyki, kosmologii, genetyki, biochemii podwaĹźają neodarwinizm. Ich zdaniem odkrycia te wskazują, Ĺźe najlepszym wyjaśnieniem niektĂłrych zjawisk w naturze jest projekt, a nie bezcelowe ewolucyjne procesy.
   
   
   "Inteligentny projekt to badanie wzorcĂłw w naturze, dla ktĂłrych istnienia najlepszym wyjaśnieniem jest takie, Ĺźe powstały one w rezultacie rozumnego działania"